在线作图|如何绘制一张变量相关图(PCA)

变量相关图(PCA)

变量相关图(Variables - PCA)将PCA主成分分析与变量相结合,通过在同一坐标轴内展示主成分与变量之间的关系。表示正相关的变量在位置上会彼此靠近,反之,负相关的变量彼此距离会越远,从中心点到变量的长度代表着此变量在这个维度所占的比例。

TUTU云工具使用

小编和他的小伙伴们开发了一个在线的作图小网站——云图图(www.cloudtutu.com,免费的哦~),操作步骤如下:
①登录网址:https://www.cloudtutu.com/#/index(推荐使用360或者谷歌浏览器)
②输入用户名和密码(小编已经为大家填好了,如果不显示可添加文末二维码添加小编获取),输入验证码后即可登录,不必注册,直接使用,不必担心隐私泄露,是不是诚意满满~
③登录后在工具一栏(全部分析)里找到变量相关图(PCA),点击进入;
④请按照界面右侧的说明书或者下文进行操作。
在这里插入图片描述
上传文件

※目前平台仅支持.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件的文件上传。(平台可对不规范的数据格式进行部分处理,但还是请您尽量按照示例数据的格式调整数据,以便机器可以识别)
a)准备一个数据矩阵(形式参照示例数据)
b)表格需要带表头和列名,每一行为样本名,每一列为各种指标数据名,例如OTU、基因ID等等;
c)请提交txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件。操作方法为:全选excel中的所有内容(ctrl+A),复制到记事本中,将记事本文件另存后点击“上传”按钮上传该文件。在这里插入图片描述
参数设置

颜色选择:按需自行选择
val值选择:contrib、cos2

下载文件

点击“运行”开始作图,点击“下载”保存结果文件(包含Vatiables-PCA、PCA-Biplot图)。PDF格式的文件可通过矢量图编辑工具进行编辑。

作图后处理

TUTU云平台提供的是PDF格式的矢量图,可通过矢量图处理软件进行编辑和调整(如文字字体、文字大小、图片分辨率等)。图形处理软件和使用方法可扫描文后的二维码添加小编获取。

写作建议

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