MIMIC IV数据库安装(二)


一、MIMIC IV数据文件获取

获取MIMIC数据库数据权限后,在MIMIC-IV的官网可以获取全部的MIMIC-IV数据表格压缩包,官方链接:https://physionet.org/content/mimiciv/1.0/。获取数据文件需要参加指定线上考试,考核通过后才能使用数据,具体申请流程可自行百度,如果小伙伴数据有困难或者无权限,也可在文末联系作者获取。
1.下载完成解压。
在这里插入图片描述
2.解压后为数据的压缩文件。
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二、MIMIC IV安装数据代码获取

官方github上给出了安装MIMIC-IV数据库的脚本代码,链接:https://github.com/MIT-LCP/mimic-code。
1.下载文件。
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2.解压文件。
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三、安装7zip工具

MIMIC-IV的数据表很大,windows下不能直接解压成csv表格导入,需要下载并安装7zip,使load_7z.sql来进行导入。
1.首先下载7zip安装包,双击安装,选择安装路径,点击install。
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2.配置环境变量。
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三、MIMIC IV安装数据

1.进入启动PostgreSQL Shell。
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2.创建数据库mimiciv。

DROP DATABASE IF EXISTS mimiciv;
CREATE DATABASE mimiciv OWNER postgres;

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3.数据库创建表(注意文件路径替换为自己数据的所在路径)。

\c mimiciv
\set mimic_data_dir 'F:/mimic/mimic-iv-1.0'
\i F:/mimic/mimic-code-main/mimic-iv/buildmimic/postgres/create.sql

4.加载数据。

--------------------
\i F:/mimic/mimic-code-main/mimic-iv/buildmimic/postgres/load_7z.sql

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数据加载时间会很长,耐心等待。

想获取mimiciv数据文件(也可有偿编程或写脚本帮忙提取和分析数据)或者有问题的小伙伴可私信我,谢谢!

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