我的第一次NGS分析操作

部分参考自：生物信息学100个基础问题 —— 番外2: 用Anaconda快速搭建生物信息学分析平台 - 孟浩巍的文章 - 知乎 https://zhuanlan.zhihu.com/p/35711429

1.首先将别的文件夹下的fastq.gz文件复制到我的文件夹下，首先进入到要复制的文件目录下：

cp ERR522819_2.fastq.gz ../../xhs

使用这个命令复制到xhs文件夹下

2.使用下列命令查看Linux系统是32位还是64位：

getconf LONG_BIT

显示是64位系统。

3.使用命令下载anaconda

wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda2-5.3.0-Linux-x86_64.sh

并且安装anaconda:

bash Anaconda2-5.3.0-Linux-x86_64.sh

并且在配置PATH时使用以下命令进行更新

source ~/.bashrc

4.设置bioconda的channel，一行一行地输入

conda config --add channels defaults
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda

5.使用conda安装fastqc

conda install fastqc

6.使用以下命令添加清华源，并且可以使用conda info查看结果，

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

 7.遇到了问题，第5步之后，

Exception in thread "main" java.awt.HeadlessException: 
No X11 DISPLAY variable was set, but this program performed an operation which requires it.
    at java.awt.GraphicsEnvironment.checkHeadless(GraphicsEnvironment.java:204)
    at java.awt.Window.<init>(Window.java:536)
    at java.awt.Frame.<init>(Frame.java:420)
    at java.awt.Frame.<init>(Frame.java:385)
    at javax.swing.JFrame.<init>(JFrame.java:189)
    at uk.ac.babraham.FastQC.FastQCApplication.<init>(FastQCApplication.java:63)
    at uk.ac.babraham.FastQC.FastQCApplication.main(FastQCApplication.java:332)

原因：因为fastqc运行需要可视化界面，但是这个linux并没有。 

 尝试1：在etc/profile下添加

export  DISPLAY=localhost:0

失败。直接找到打开[rofile并添加失败，因为权限不够：

xhs@dandan26:/etc$ cat >>profile
-bash: profile: 权限不够

使用：

chmod 777 profile

提示：

chmod: 更改'profile' 的权限: 不允许的操作

总之就是各种权限不够无法修改，所以这个fastqc只能先放弃，待会问问其他人。[1]

8.安装fasxt-toolkit，先从官网上下载，http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/download.html

wget http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/fastx_toolkit_0.0.13_binaries_Linux_2.6_amd64.tar.bz2

并且使用命令查看系统版本：

lsb_release -a

结果：

No LSB modules are available.
Distributor ID:    Ubuntu
Description:    Ubuntu 16.04.5 LTS
Release:    16.04
Codename:    xenial

9.根据文档指导安装fastx-toolkit——http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/install_ubuntu.txt

使用以下命令安装，提示已经有gcc环境了，然后使用gcc -v查看它的版本：

sudo apt-get install gcc g++ pkg-config wget

 Install libgtextutils

wget http://cancan.cshl.edu/labmembers/gordon/files/libgtextutils-0.6.tar.bz2

又有错误了，顺着命令安装，到make命令时，就错了。

pipe_fitter.c: In function ‘pipe_close’:
pipe_fitter.c:30:6: error: variable ‘i’ set but not used [-Werror=unused-but-set-variable]
  int i, status ;
      ^
cc1: all warnings being treated as errors
Makefile:336: recipe for target 'pipe_fitter.lo' failed
make[3]: *** [pipe_fitter.lo] Error 1
make[3]: Leaving directory '/home/xhs/libgtextutils-0.6/src/gtextutils'
Makefile:235: recipe for target 'all-recursive' failed
make[2]: *** [all-recursive] Error 1

给这些东西也不明白。尝试了这个不能行。

$ CXXFLAGS="-Wall"
$ ./waf configure

按照CSDN论坛上的方法，将makefile文件中的-Werror（共2个）都去掉了：还是不行，并且重新断开连接之后，makefile中的-Werror还是会出现。[2]

想接着往下安装根本不行啊，因为之前的这个No package 'gtextutils' found，就进行不了后续的步骤了。哭唧唧。[3] 

 其中用到了./configure

——./configure是源代码安装的第一步，主要的作用是对即将安装的软件进行配置，检查当前的环境是否满足要安装软件的依赖关系，

 又仔细看发现，有很多下面都有makefile

config.status: creating Makefile
config.status: creating README
config.status: creating doc/Makefile
config.status: creating m4/Makefile
config.status: creating src/Makefile
config.status: creating src/gtextutils/Makefile
config.status: creating gtextutils.pc
config.status: creating tests/Makefile
config.status: creating config.h
config.status: config.h is unchanged
config.status: executing depfiles commands
config.status: executing libtool commands

 共有6个makefile将其中的-werror都去掉，这个可以顺利安上，因为这个gtextutils安装不是在默认路径下，所以用下面的命令：

export PKG_CONFIG_PATH=/home/xhs/libgtextutils-0.6:$PKG_CONFIG_PATH

在这个路径下有gtextutils.pc文件，这样就可以找到了。

*那么.pc文件是什么呢？proc语法写成.pc文件。输入make安装fastx-toolkit时依旧是出现了和上述一样的error，但是本次由于makeprofile文件实在太多，所以选择使用命令。

使用unset PKG_CONFIG_PATH 命令可以清空设置的路径。

怎么就找不到了？

实在是搞不定了。

在fastx-toolkit下安装有：

Making all in fastx_collapser
make[3]: Entering directory '/home/xhs/fastx_toolkit-0.0.12/src/fastx_collapser'
make[3]: Nothing to be done for 'all'.
make[3]: Leaving directory '/home/xhs/fastx_toolkit-0.0.12/src/fastx_collapser'
Making all in fastx_uncollapser
make[3]: Entering directory '/home/xhs/fastx_toolkit-0.0.12/src/fastx_uncollapser'
g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -I../.. -I/usr/local/include/gtextutils -I../libfastx  -I../libfastx   -g -O2 -Wall -Wextra -Wformat-nonliteral -Wformat-security -Wswitch-default -Wswitch-enum -Wunused-parameter -Wfloat-equal -DDEBUG -g -O1 -DDEBUG -g -O1 -MT fastx_uncollapser.o -MD -MP -MF .deps/fastx_uncollapser.Tpo -c -o fastx_uncollapser.o fastx_uncollapser.cpp
fastx_uncollapser.cpp:31:39: fatal error: gtextutils/stream_wrapper.h: 没有那个文件或目录
compilation terminated.
Makefile:283: recipe for target 'fastx_uncollapser.o' failed
make[3]: *** [fastx_uncollapser.o] Error 1
make[3]: Leaving directory '/home/xhs/fastx_toolkit-0.0.12/src/fastx_uncollapser'
Makefile:252: recipe for target 'all-recursive' failed
make[2]: *** [all-recursive] Error 1
make[2]: Leaving directory '/home/xhs/fastx_toolkit-0.0.12/src'
Makefile:279: recipe for target 'all-recursive' failed
make[1]: *** [all-recursive] Error 1
make[1]: Leaving directory '/home/xhs/fastx_toolkit-0.0.12'
Makefile:209: recipe for target 'all' failed
make: *** [all] Error 2

 没有哪个文件或目录，真是绝望。不知道怎么处理了。