ライフサイエンスグループ
タンパク質間の相互作用は、以下のアプリケーションを持つことができます。
EG ：改変タンパク質遺伝子は、従って、タンパク質間の相互作用を弱める、構造を変化させます。
EG ：標的タンパク質シミュレートされたデータ、すなわち結合空洞、化合物の結合データ格納データセットを医薬ため、
構造予測：
一般的な手順：まず、得られた配列を用いてのFastaに（グローバル配列アライメント）＆BLAST で（部分配列アラインメント）PDB テンプレートを見つけるために（予測計算を取得し、このデータベースのデータと実験データ）をモデル化します。テンプレートを見つけるための方法は、に基づくことができるシーケンス類似性。基づく構造により異なるアミノ酸配列の存在が、ここで同様の構造の最終組成物は、この方法には、類似の品質高いです。研究目的（に基づくリガンド及び補因子）。ためのアライメント態様グローバルアライメント、類似度が低いが、より正確な結果を得られた複数の配列アラインメントテンプレートを使用することが好ましい、一対の比較結果との類似度が高い鋳型配列は、保存された領域を確認するために使用することができます。モデルの構築方法：1. 満たすスチールモデルに保存された領域は、直接コピーする既知の配列に。2. 高い配列要件のための方法であっても、部分的にではなく、さらに上の一部にはならないフラグメントアセンブリ、構造体は、このようにフィルム部材に高い類似度を得3 は、正確なスコアリングメカニズムを使用して決定され、空間の制約を通っ同時に、フィルム部材との類似度が低い時。以下のためのアセンブリソフトウェアが持っている洞察力QUANTA やSYBYL Composerを、これら2つのソフトウェアは、グラフィカルインターフェースおよび手数料です。また、使用することができますMODELLERをコンパイル。オンライン解析ソフトウェアSWISS_MODEL 、WHAT IF 、3D-JIGSAW 、CPH-モデル。
水環境のための一般的な方法膜タンパク質ソリューション環境。
使用するので、難しい実験測定生体情報特殊な予測構造の方法は、ということであるモデリング膜タンパク質構造のテンプレートであるのGPCR （スパイラル）、主予測されるタンパク質の形、位置および細胞外、細胞内、その後最初の3にまとめ構造は、回転の方向は、その後、最適化することができます。
機能情報に基づいて機能予測は、以下の5つの原則を解決されました：
1. 使用自動化されたスクリプトは、データベース内で検索する配列類似性使用して、実験の選択のための基準を。
2. 構造が配列よりも保存されているので、使用することができる構造に基づきます。配列類似性によって、類似度関数を見つけるために、対応する配列であって、前記分解シーケンスを見つけるために、構造的類似性を用いて、SCOP 。その中でも、異なる精度の異なるレベル：クラス<<スーパーファミリー<家族を折ります
図3は、機能ドメインの機能があり、それによって、ドメイン情報を取得する空洞の大きさ、形状、物理的および化学的特性を結合することによって予測することができます
4. においてモチーフベースの基本単位予測、選択決意は、近位系統樹機能を作った後、利用可能な機能を選択します。
5. からシステムレベルの視点は、KEGG経路は、経路機能を発見しました。
タンパク質ネットワーク間の相互作用がある PPIのネットワーク、それは二つのタイプがあります：1. いくつかのタンパク質は、間接的な相互作用である同じ生物学的プロセスに関与します。2. 直接接触および相互作用にある、複合有するいくつかのタンパク質（EG ：タンパク質複合体、四次構造）は、関数への相互作用の結果です。
研究互作方法：
- プロファイル方法系統：常に特定の遺伝子、タンパク質-タンパク質相互作用に対応する遺伝子が存在します。
- 近隣遺伝子：遺伝子は、タンパク質-タンパク質相互作用することを、相対位置を保存します。
- 種 A と同じタンパク質上の2つのドメインは、種B 2へのタンパク質には、それが2つのタンパク質-タンパク質相互作用すると考えられます。これは、より複雑な真核生物の規制は、より多くの元を必要とするので、いくつかの機能ドメインがオフに分割しているため、ゲノムが大きくなります。
- 遺伝子の共進化：ゲノム系統樹は、一貫性のある可能なタンパク質のトポロジー（閉じので EG1 ：一方は正負に帯電荷電のEg2の：金属A と金属Bの相互作用、の変異体Bはなる）、交差種を使用することができます等しい場合に比較トポロジは、スコアリングマトリックスアラインメントは、利用可能であり、最終的には相関係数を決定する。1がその後の相互作用があります。