[R] R パッケージ MeticCal のインストール問題の解決 R パッケージを構築するには Rtools が必要です

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前に書いてある

トゥカオ一部:

通常の状況では、これは最後の手段ではなく、実際には使いたくないのですが、R最も厄介なことはパッケージのインストールです。バージョンの非互換性があらゆる場面で現れるか、このパッケージ A のダウンロードは依存しますパッケージ B に依存し、パッケージ B はパッケージ C に依存します。。。私がそれに遭遇したのはこれが初めてではありません。。。

しかしどうしようもなく、いくつかの文献で、提供されている既製のスクリプトに R パッケージが統合されているのを時々目にします。テストしたい場合は、弾丸を噛むことしかできません。パッケージを 10 回ダウンロードするような感じです。軽度のトラブルは8回あります。

ただし、インストールの問題が頻繁に発生するため、オンラインで検索すると、多くのネチズンが同様の問題に遭遇していることがわかりますが、まったく同じではない可能性があります。

さらに、インストールパッケージの問題を軽減するために、Rstudio と annocoda を使用してインストールパッケージをダウンロードできます。著者は Rstudio を使用していますが、まだ問題があり、MethylCalR パッケージをインストールするときに著者が遭遇した問題と解決策を以下に示します。

R-公式サイト操作マニュアル

問題の説明

githubのインストール手順に従って、 MethylCalhttps://github.com/lb664/MmethylCalをインストールします。

インストール手順では、パッケージをインストールするにはいくつかの依存パッケージが必要であることも指摘されています。

【1】最初にインストールします。INLA

install.packages("INLA", repos = c(getOption("repos"), INLA = "https://inla.r-inla-download.org/R/stable"), dep = TRUE)

Rstudioのコマンドラインにコマンドを入力します。
ここに画像の説明を挿入
【2】次に以下のコマンドを実行します。

install.packages("devtools")  # 安装包：devtools
library(devtools)  # 导入包 devtools
devtools::install_github("lb664/MethylCal", build_opts = c("--no-resave-data", "--no-manual"))  # 安装 MethylCal

コマンド実行後、エラーが発生しますRtools is required to build R packages。

解決プロセス

【1】インストール`INLA`

上記2ステップのコマンドを直接実行したため、インストールがINLA失敗していることが分かりました。(ここをよく見ていなかったため、スクリーンショットを撮り忘れてエラーを報告しました)、INLAのインストール方法をインターネットで直接検索して、R言語INLAパッケージの最新のインストール方法をダウンロードすると書かれています最初に別のパッケージを作成します。

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
    
BiocManager::install("Rgraphviz")

Rstudio のコマンドライン上の上記のコマンドは、エラーを報告するのには役に立ちません。しかし、インストールINLAコマンドの実行はまだ失敗します。コマンドの URL に従って、圧縮パッケージ (アドレスはここにあります) を手動でダウンロードし、R インストールパッケージのパスに解凍します。一般的なパスは你下载R的目录\R\R-4.2.2\library\INLA(私の R はバージョンです) 4.2.2)、INLA_22.05.07.zip は解凍後の INLA ディレクトリです。

ここに画像の説明を挿入

【2】インストール`Rtools`

「R パッケージをビルドするには Rtools が必要です」というエラーについては、オンライン検索が多数あります。Rtoolsをインストールする方法が見つかりました。こちらの方法 2を参照してください。

Rtool インストールパッケージ (.exe) を見つけてダウンロードし、プロンプトに従ってインストールします。
【これは、独自の R ソフトウェアのバージョンに対応するものであることに注意してください。】
インストール後、Rstudio コマンドラインで次のコマンドを実行します (私は Rstudio を再起動し、次の 2 つのコマンドを直接実行しました)
```
writeLines('PATH="${RTOOLS40_HOME}\\usr\\bin;${PATH}"', con = "~/.Renviron")
Sys.which("make")  # 返回rtools的路径
```
実行後、ここではエラーは報告されず (幸いなことに...)、rtools のダウンロードパスを返しました。
コマンドを再実行します。
MmethylCal パッケージの説明では、INLA および devtools をインストールするコマンドは再実行されません。実行したところ:
```
library(devtools)  # 导入包 devtools
devtools::install_github("lb664/MethylCal", build_opts = c("--no-resave-data", "--no-manual"))  # 安装 MethylCal
```
注: INLA は手動でダウンロードされており、devtools インストールコマンドラインは以前に実行されています。

上記の Rtools と INLA をインストールするとき、主に他のコマンドが途中で実行された可能性があるため、install.packages("devtools")このパッケージがインストールされ、再度実行され、手動でパッケージをインストールしようとした可能性があるため、多くの試行が行われました。 Rstudioの右側。試してみてください。。。
ここに画像の説明を挿入
その結果、パッケージは最終的にMethylCal正常にインストールされます。。。

添付ファイル:
jupyter ノートブックで R を使用する:
ここに画像の説明を挿入
Rstudio コマンドラインを使用して、次のコマンドを実行します。

install.packages('IRkernel')
IRkernel::installspec()

添付：

バージョンの競合が発生した場合の解決策:

関連エラーの例rlang:ネームスペース 'rlang' 1.0.6 がロードされましたが、1.1.0 以上が必要です

(バージョンの問題ではなく、BiocManager の問題である可能性があります)

たとえば、Rstudio を使用してxxxパッケージをインストールすると、rlang バージョンでエラーが発生しました。

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("xxx")

インストールパッケージディレクトリ (例: mydir\\R-4.2.2\library)の下のディレクトリを見つけてrlang、別の名前 (例: rlang_bak) に変更するか削除し、Rstudio を再起動して上記のコマンドを再実行してインストールすると、エラーは報告されません。