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Tucao certains:
Dans des circonstances normales, ce n'est pas un dernier recours, et je ne veux vraiment pas l'utiliser. RLa chose la plus décourageante est l'installation du package. L'incompatibilité de version apparaîtra à chaque tour, ou le téléchargement de ce package A dépend sur ce package B, et le package B dépend du package C. . . Ce n'est pas la première fois que je le rencontre. . .
Mais impuissant, parfois je constate que dans certaines littératures, les scripts tout prêts fournis ont intégré le package R. Si vous voulez tester, vous ne pouvez que mordre la balle. On a l'impression de télécharger le package dix fois, et il peut y avoir des problèmes mineurs huit fois. .
Cependant, c'est parce qu'il y a souvent des problèmes d'installation, donc les recherches en ligne trouveront que de nombreux internautes ont rencontré des problèmes similaires, mais ils peuvent ne pas être exactement les mêmes.
De plus, pour réduire le problème des packages d'installation, vous pouvez utiliser Rstudio et annocoda pour télécharger les packages d'installation. L'auteur utilise Rstudio, mais il y a encore des problèmes.Voici MethylCalles problèmes et les solutions que l'auteur a rencontrés lors de l'installation d'un package R.
R-manuel d'utilisation du site officiel
Description du problème
Selon les instructions d'installation sur githubMethylCal , installez : https://github.com/lb664/MethylCal
Dans les instructions d'installation, il est également précisé que certains packages dépendants sont nécessaires pour installer le package
【1】 Installez d'abord :INLA
install.packages("INLA", repos = c(getOption("repos"), INLA = "https://inla.r-inla-download.org/R/stable"), dep = TRUE)
Entrez la commande sur la ligne de commande de Rstudio :
【2】Ensuite, exécutez la commande suivante :
install.packages("devtools") # 安装包：devtools
library(devtools) # 导入包 devtools
devtools::install_github("lb664/MethylCal", build_opts = c("--no-resave-data", "--no-manual")) # 安装 MethylCal
Une fois la commande exécutée, une erreur se produit Rtools is required to build R packages.
processus de résolution
【1】InstallationINLA
Étant donné que les commandes des deux étapes ci-dessus ont été directement exécutées, il a été constaté que l'installation INLAs'était mal déroulée. (Je n'ai pas regardé attentivement ici, et j'ai oublié de prendre une capture d'écran et signalé une erreur), et j'ai directement cherché sur Internet la méthode d'installation d'INLA : La dernière méthode d'installation du package INLA en langage R , il est dit de télécharger un autre paquet d'abord:
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("Rgraphviz")
La commande ci-dessus sur la ligne de commande de Rstudio est inutile pour signaler une erreur. Mais l'exécution de la INLAcommande d'installation échoue toujours. Selon l'URL de la commande, téléchargez manuellement le package compressé ( voici l'adresse ) et décompressez-le dans le chemin du package d'installation R. Le chemin général est 你下载R的目录\R\R-4.2.2\library\INLA(mon R ici est la version 4.2.2), INLA_22.05.07.zip est le répertoire INLA après décompression.
【2】InstallationRtools
Pour l'erreur Rtools is required to build R packages, il existe de nombreuses recherches en ligne. Trouvé un moyen d'installer Rtools : reportez-vous à la méthode 2 ici.
- Trouvez le package d'installation de Rtool (.exe), téléchargez-le et suivez les instructions pour l'installer.
【Notez que cela doit correspondre à votre propre version du logiciel R】
- Après l'installation, exécutez la commande suivante sur la ligne de commande de Rstudio : (j'ai redémarré Rstudio et exécuté directement les deux commandes suivantes)
Après exécution, je n'ai pas signalé d'erreur ici (heureusement...), et renvoyé le chemin de téléchargement de rtools :writeLines('PATH="${RTOOLS40_HOME}\\usr\\bin;${PATH}"', con = "~/.Renviron") Sys.which("make") # 返回rtools的路径
- Réexécutez la commande : Dans
la description du package MethylCal , les commandes pour installer INLA et devtools ne sont pas réexécutées. Juste exécuté :
Remarque : INLA a été téléchargé manuellement et la ligne de commande d'installation de devtools a été exécutée auparavant.library(devtools) # 导入包 devtools devtools::install_github("lb664/MethylCal", build_opts = c("--no-resave-data", "--no-manual")) # 安装 MethylCal
Lors de l'installation de Rtools et INLA ci-dessus, il y a eu de nombreuses tentatives, principalement parce que d'autres commandes peuvent avoir été exécutées au milieu, telles que, , install.packages("devtools")ce package peut avoir été installé, et il a été exécuté à nouveau, et essayé manuellement d'installer le package sur le côté droit de Rstudio. Essayez. . .
Le résultat est que le package est finalement MethylCalinstallé avec succès. . .
Pièce jointe :
utilisez R dans le bloc-notes jupyter :
utilisez la ligne de commande Rstudio pour exécuter la commande suivante :
install.packages('IRkernel')
IRkernel::installspec()
Ci-joint:
Une solution lorsque vous rencontrez des conflits de version :
Exemple rlangd'erreurs liées :Espace de noms chargé 'rlang' 1.0.6, mais nécessite >= 1.1.0
(Ce n'est peut-être pas un problème de version, c'est peut-être un problème de BiocManager)
Par exemple, lors de l'utilisation de Rstudio pour installer xxxle package, une erreur s'est produite dans la version rlang.
if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("xxx")
Recherchez le répertoire sous le répertoire du package d'installation (par exemple, mydir\\R-4.2.2\library) rlang, renommez-le en un autre (par exemple rlang_bak) ou supprimez-le, redémarrez Rstudio et réexécutez la commande ci-dessus pour l'installer, et aucune erreur ne sera signalée.