Las vesículas extracelulares (EV) liberadas por las células vivas son importantes portadores de transducción de señales y comunicación celular, especialmente en las interacciones de larga distancia entre células. Los exosomas secretados por el sistema endosómico y las microvesículas (MV) que se desprenden de la membrana plasmática son la principal fuente de EV, mientras que el contenido de los EV incluye una variedad de biomoléculas de las células de origen, como lípidos, proteínas, metabolitos, ADN y ARN. Los ARN no codificantes son moléculas importantes y bien estudiadas en los vehículos eléctricos que pueden administrar y regular las células diana. Por lo tanto, un estudio exhaustivo de la distribución de los ncRNA en los vehículos eléctricos ayudará a comprender las características moleculares de los vehículos eléctricos y revelará sus funciones potenciales.
Actualmente existen algunas bases de datos que brindan evaluaciones detalladas de la abundancia de ARN a partir de datos de secuenciación de EV, pero la mayoría tiene limitaciones en términos de tamaños de muestra pequeños y tipos de ncRNA o perfiles de expresión no uniformes. Para cuantificar los perfiles de expresión de siete tipos de ncRNA (miRNA, snoRNA, piRNA, snRNA, rRNA, tRNA y YRNA), los investigadores construyeron ECAtlas, una base de datos integral para la expresión de ncRNA en vehículos eléctricos (http : //bioinfo.life.hust . edu.cn/EVAtlas ) , los resultados de la investigación se publicaron en la conocida revista "Nucleic Acid Research".
Página de inicio de la base de datos EVAlats
La base de datos tiene cuatro módulos funcionales: (i) buscar y comparar datos de 24 condiciones y 8 fuentes (plasma, suero, saliva, orina, esperma, leche materna, células primarias y líneas celulares); Su expresión priorizó los ncRNA candidatos en condición- tejidos asociados; (iii) exploró ncRNAs expresados específicamente en vehículos eléctricos en 24 condiciones; (iv) estudió funciones de ncRNA, fármacos relacionados, genes diana y métodos de aislamiento de vehículos eléctricos.
EVAtlas contiene la expresión más completa de ncRNA en EV y será un recurso clave en el campo.
referencias
EVAtlas: una base de datos completa para la expresión de ncRNA en vesículas extracelulares humanas. Investigación de ácidos nucleicos. 2021