El cortador 3D obtiene datos relacionados con el segmento (centroide centroide, área de superficie corporal ROI, etc.)

Tome el centroide como ejemplo (el punto central es el origen de las coordenadas y las coordenadas incluyen números negativos)

Tabla de contenido

Tabla de contenido

Cortadora 3D

Estadísticas de segmento

Estadísticas de mapas de etiquetas Estadísticas de mapas de etiquetas

Estadísticas de volumen escalar Volumen escalar

Estadísticas de superficie cerrada Estadísticas de superficie cerrada

consola pitón

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Cortadora 3D

Estadísticas de segmento

Este es un módulo para calcular estadísticas relacionadas con la estructura del segmento, como volumen, área de superficie, intensidad media y varias otras métricas para cada segmento.

Estadísticas de mapas de etiquetas Estadísticas de mapas de etiquetas

Las estadísticas del mapa de llamadas se calculan utilizando la representación del mapa de llamadas binario del segmento.

• recuento de vóxeles: número de vóxeles en el fragmento

• Volumen mm3 Volumen del segmento en mm3

• volumen cm3 el volumen del segmento en cm3

• Centroide: el centroide del segmento de línea en coordenadas RAS

• Feret diámetro: el diámetro de una esfera que puede contener todo el segmento

• Superficie mm2: Superficie del segmento en mm2

• Redondez: La redondez del segmento. Calculado a partir de la relación de las áreas de las esferas, reste el área real del diámetro de Feret. Un valor de 1 indica una estructura esférica. Ver definición detallada aquí .

• Planitud: La planitud del segmento de línea. Calculado a partir de la raíz cuadrada de la relación de los segundos momentos principales más pequeños multiplicados por el valor más pequeño. Un valor de 0 indica una estructura plana. Ver definición detallada aquí .

• Alargamiento: El alargamiento del cabezal de corte. Calculado a partir de la razón de la raíz cuadrada del segundo momento principal más grande por el segundo más pequeño. Ver definición detallada aquí .

• Momentos principales: momentos principales de inercia para cada eje del segmento de línea

• Eje principal: el eje principal de rotación del segmento de línea (el eje principal es la coordenada radial, la orientación sobre el eje principal es la coordenada axial)

• Cuadro delimitador orientado: un cuadro delimitador no alineado con el eje que contiene segmentos de línea. La dirección del eje principal se utiliza para orientar el cuadro delimitador.

• El eje principal de rotación (o dirección principal) son los vectores propios del tensor de momento de inercia (introducido en el apartado anterior) definidos con respecto a algún punto (normalmente el centro de masas ) . Los valores propios correspondientes se denominan momentos principales de inercia.. Dado que el tensor del momento de inercia se define en relación con un punto en el espacio, todos los ejes principales pasan por el punto

  

  (generalmente el centroide).

• 

  diámetro: radio, eje: eje central, circunferencia: circunferencia

Estadísticas de volumen escalar Volumen escalar

• recuento de vóxeles: número de vóxeles en el fragmento

• Volumen mm3 Volumen del segmento en mm3

• volumen cm3 el volumen del segmento en cm3

• Min: el valor escalar más pequeño en el segmento de línea

• max: el valor escalar más grande en el segmento de línea

• media: el valor escalar promedio en el segmento de línea

• Mediana: valor escalar mediano en el segmento

• Desviación estándar: la desviación estándar de los valores escalares en el segmento de línea ( calculado usando la fórmula de desviación estándar de muestra corregida )

Estadísticas de superficie cerrada Estadísticas de superficie cerrada

• Superficie mm2: volumen del segmento en mm2

• Volumen mm3 Volumen del segmento en mm3

• volumen cm3 el volumen del segmento en cm3

consola pitón

#used LabelmapSegmentStatistics to pull the centroid for each segment in the Segmentation
#Then I used the centroid coordinates to generate new spherical segments with a 1mm diameter (or radius?)
#These can be used with Segment statistics to query core lesion locations based on anatomical atlases
#用LabelmapSegmentStatistics为分割中的每个线段拉出质心，然后使用质心坐标生成直径为1 mm(或半径？)的新球形线段。
#这些数据可与分段统计数据结合使用，以根据解剖图谱查询核心位置

import numpy as np
import SegmentStatistics
segmentationNode = slicer.util.getNode("Segmentation")#
volume_node = slicer.util.getNode("Volume")
segmentation = segmentationNode.GetSegmentation()
segnum = segmentation.GetNumberOfSegments()
for i in range(segnum):
    segment = segmentation.GetNthSegment(i) 
    segmentId = segmentationNode.GetSegmentation().GetSegmentIdBySegment(segment)
    segmentName = segment.GetName()
    segStatLogic = SegmentStatistics.SegmentStatisticsLogic()
    segStatLogic.getParameterNode().SetParameter("Segmentation", segmentationNode.GetID())
    segStatLogic.getParameterNode().SetParameter("LabelmapSegmentStatisticsPlugin.centroid_ras.enabled", str(True))
    segStatLogic.computeStatistics()
    stats = segStatLogic.getStatistics()
    print(segmentName)
    centroid_ras = stats[segmentId,"LabelmapSegmentStatisticsPlugin.centroid_ras"]
    print(centroid_ras)
    tumorCentroid = vtk.vtkSphereSource()
    tumorCentroid.SetCenter(centroid_ras)
    tumorCentroid.SetRadius(1)
    tumorCentroid.Update()
    CentroidSegmentName = segmentName + "-centroid"
    segmentId = segmentationNode.AddSegmentFromClosedSurfaceRepresentation(tumorCentroid.GetOutput(), CentroidSegmentName, [1.0,0.0,0.0])

 

 

Link de referencia:

Estadísticas de segmento — Documentación de 3D Slicer (slicer.readthedocs.io)