Hace unos días, un compañero de clase preguntó sobre la implementación de un método en un artículo. Después de leer este artículo
qPCR, básicamente es pura letra, excepto la verificación. Hoy intentaré reproducirlo. Es una recurrencia aleatoria. Si los datos de lectura no son buenos, puede darse por vencido. Espero que todos lo点赞apoyen .在看转发
文章标题： Investigación de un modelo de predicción y firma génica del microambiente relacionado con la inmunidad a la hipoxia para la fibrosis pulmonar idiopática.
doi: 10.3389 / fimmu.2021.629854
Nota: Debido a que es solo una reproducción superficial y el nivel personal también es limitado, la intención original del autor puede malinterpretarse en el proceso e inevitablemente habrá errores o fallas. Espero que todos critiquen y corrijan.
proceso
La ubicación del proceso de análisis de este tuit se muestra en la figura. La imagen correspondiente es figure2C.
Muestra de datos y recogida de códigos
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Análisis de métodos
Primero, el autor buscó MSigDBel conjunto de genes de hipoxia en la base de datos y extrajo la matriz de expresión del conjunto de genes modificado de la matriz de expresión combinada después del efecto del lote anterior de ir al extranjero.
Luego viene la primera pregunta de este artículo. Como todos sabemos, umapes un algoritmo de reducción de dimensionalidad de uso común y no tiene el efecto de agrupamiento, por lo que el autor debería haber omitido escribir aquí el método específico de agrupamiento. En base a esto, hay visualización de reducción de dimensionalidad después de la agrupación, o visualización de agrupación basada en datos de reducción de dimensionalidad. umapBasado en la amplia atención del autor , usaré k-meansel algoritmo para umapagrupar y visualizar los resultados aquí.