TrackSeg logra la reconstrucción de los principales haces de fibras de materia blanca en todo el cerebro

Descarga de código e instalación

https://github.com/MIC-DKFZ/TractSeg

Tutorial de procesamiento de datos de tipo HCP / no HCP

https://github.com/MIC-DKFZ/TractSeg/blob/master/resources/Tutorial.md

Ejemplo de realización de reconstrucción del haz de fibras de materia blanca

script cshell:

#! /bin/csh

set DATA_dir=/nfs/s2/userhome/zhangdai/HCP_tractSeg/HCP_dir

foreach sub_id (100307)
	echo ${sub_id}
	cd ${DATA_dir}/${sub_id}/T1w/Diffusion

	# step 1, extracting peaks
	TractSeg -i data.nii.gz -o tractseg_output --raw_diffusion_input --csd_type csd_msmt_5tt --brain_mask nodif_brain_mask.nii.gz --bvals bvals --bvecs bvecs
	
	# step 2, calculating the beginning region and ending region
	TractSeg -i tractseg_output/peaks.nii.gz -o tractseg_output --output_type endings_segmentation
	
	# step 3, tracking on the TOMs
	TractSeg -i tractseg_output/peaks.nii.gz -o tractseg_output --output_type TOM
    Tracking -i tractseg_output/peaks.nii.gz -o tractseg_output --tracking_format tck
end

Software de visualización

https://github.com/MIC-DKFZ/MITK-Diffusion#Downloads Seleccione
Windows 64-bit: versión ejecutable de Windows 10 (sin soporte de Python) para descargar e instalar.

Visualización de resultados de reconstrucción

resultados para CST bilateral ：