lammps下载 Ubuntu 安装

其实一直用的Mac,电脑太久了,要退役了。现在尝试在自己window上跑吧。提供一种在Ubuntu上安装的方法,供大家参考。Step 1下载winscp,然后把安装包传到虚拟机上。可能由于接口没有打开,有时候连接不上,更新一下。ifconfig 显示你的ip,很多情况是没有ssh,sudo apt-get install openssh-server,然后再打开 service ssh st...
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一个描述二氧化硅的两体势能BKS

一个描述二氧化硅的两体势能BKSSi 2.4O -1.2pair_style buck/long/coul/long cut long 8 8 pair_coeff 1 1 0 0 0pair_coeff 1 2 18003.7572 4.87318 133.5381pair_coeff 2 2 1388.7730 2.760 175.0 ...
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LAMMPS单位

1Aug=1e-10 m=1e-8 cm1ps=1e-12 s, 1fs=1e-15 s, 1ps=1000 fs1eV=23.0445512 Kc/mol, 1ev=3.8276e-23 Kc, 1eV=1.60217733e-19 J, 1eV=1.60217733e-12 erg, 1mol=6.0221367e231J=0.23884 c, 1erg=1e-7 J, 1Kc=4186.8 J, 1Kc=4.1868e10 erg, 1Kc=2.6126e22 eV1atm=1.01325 b
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LAMMPS 中 molecule command 的分子模板

LAMMPS 中 molecule command 的 SPC/E 分子模板脚本# Water molecule. SPC/E model.3 atoms 2 bonds 1 angles Coords1 1.12456 0.09298 1.274522 1.53683 0.75606 1.899283 0.49482 0.56390 ...
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LAMMPS中的GCMC(巨正则蒙特卡洛)

谈谈LAMMPS中的GCMC(巨正则蒙特卡洛)记录学习心得(2020.2.21)疫情期间,还是在家专心科研,养成好习惯,继续记录。Example :fix ID group-ID gcmc N X M type seed T mu displace keyword valuesN:每N步进行一次MC操作,每次操作进行 X 次的交换和 M 次的移动和旋转;type: 原子type;See...
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LAMMPS是如何进行计算的

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LAMMPS实现指定时间内dump

LAMMPS实现指定时间内dumpvariable a loop 10label loopdump 1 all atom 100 file.$arun 10000undump 1next ajump in.lj loop
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LAMMPS实现MC模拟

# Monte Carlo relaxation of perturbed 2d hex lattice# set these parameters# make sure neigh skin > 2*deltamovevariable iter loop 3000 # number of Monte Carlo movesvariable deltaperturb equal 0.2 # max size of initial perturbation per
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LAMMPS实现for循环,打印二维数组

label loopxvariable x loop 5 label loopy variable y loop 5 variable x equal $x variable y equal $yprint "-----------------------"print "now x is ${x}"print "now y is ${y}"print "----------------------
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LAMMPS循环文件、后处理并写出文件关机!

%---------------------------------------%NOTE!############################################################ 代码解决分子动力学中,后处理问题,循环文件夹批量处理! #### 欢迎各位LAMMPS大佬交流: [email protected] #############################################################
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LAMMPS生成粗糙表面的in文件脚本(可调节微结构高、长和宽)

Step 1 in文件1 可以根据需要调节微结构的高、长和宽。#---------------------------------------------------##---------------------------------------------------## ## This code is to bulid wall struction ##
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分子动力学理论篇(1)——牛顿力学、哈密顿动力学和相空间

接下来我们画出harmonic spring 在相空间的轨迹:MALAB 代码如下:clc;clear;%--------------------------------%% initial setting step = 0.1;X_initial = -4;V_initial = 0;lambda = 1;mass = 1;X_current = X_initial;V_current = V_initial;t = 0;run = 0;%--.
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读取lammps全部dump的matlab脚本

分享一个读取全部dump的matlab脚本。%-------------------------------------------------------------------------------------------# % File is file path of lammps file % Do not cha
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LAMMPS的in文件如何抢占计算资源,大规模循环计算?

LAMMPS如何抢占资源,循环计算?在计算资源有限的情况下,常常因为一个任务结束而排不上队。那么在计算lammps过程中如何通过脚本循环计算不同的in文件呢?比如我要计算不同温度下观察一物理量的变化:假设有100,200,300,400,500,600,700,800.8个温度变化,我想写入不同的文件夹。具体实现的功能:1、分别创建文件夹。2、并将需要的data文件和势能函数文件复制进不同的文件夹里。3、计算-并在不同的文件夹写出结果。代码如下:#--------------------
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LAMMPS后处理—如何构建二维云图-接触角呢?

如何构建密度云图呢?如何构建密度云图呢?STEP 1首先我们要先读入dump文件的全部帧,这里请看我另一个帖子。这里仅给出代码,具体请见:https://blog.csdn.net/qq_43689832/article/details/108943190clc;clear;% file is file path of lammps file % file = '1.dump'try dump = fopen(file,'r');catch error('Dumpfi
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LAMMPS中的默认变量

LAMMPS中的默认变量 step = timestep elapsed = timesteps since start of this run elaplong = timesteps since start of initial run in a series of runs dt = timestep size time = simulation time cpu = elapsed CPU time in seconds since start of
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WARNING: Using a manybody potential with bonds/angles/dihedrals and special_bond exclusions

WARNING: Using a manybody potential with bonds/angles/dihedrals and special_bond exclusionsit is a warning, not an error, and you cannot see it with the oldercode, since it wasn’t programmed then.it reminds you that you better know what you are doing, an
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metal

} else if (strcmp(style,"metal") == 0) { force->boltz = 8.617343e-5; force->hplanck = 4.135667403e-3; force->mvv2e = 1.0364269e-4; force->ftm2v = 1.0 / 1.0364269e-4; force->mv2d = 1.0 / 0.602214129; force->nktv2...
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c++脚本处理lammps dump 文件

/* * temperature variation of cutting region */# include <stdio.h> # include <stdlib.h> # include <math.h> # include <iostream> # include <fstream> # include &lt...
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Lammps 如何计算速度矢量分布?

模拟体系:混合体系,液滴与表面撞击,向上弹跳。画出在X-Z方向的速度矢量分布。STEP 1读取dump轨迹,这里参考我之前的一个博客。https://blog.csdn.net/qq_43689832/article/details/108943190STEP 2将体系在x-z轴划分bin,并对bin内的原子速度进行统计、平均,%ATOMS id type x y z vx vy vz all_frame = 1; % 全部需要计算的帧%%-----------------
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