lammps下载 Ubuntu 安装
其实一直用的Mac，电脑太久了，要退役了。现在尝试在自己window上跑吧。提供一种在Ubuntu上安装的方法，供大家参考。Step 1下载winscp，然后把安装包传到虚拟机上。可能由于接口没有打开，有时候连接不上，更新一下。ifconfig 显示你的ip，很多情况是没有ssh，sudo apt-get install openssh-server，然后再打开 service ssh st...
一个描述二氧化硅的两体势能BKS
一个描述二氧化硅的两体势能BKSSi 2.4O -1.2pair_style buck/long/coul/long cut long 8 8 pair_coeff 1 1 0 0 0pair_coeff 1 2 18003.7572 4.87318 133.5381pair_coeff 2 2 1388.7730 2.760 175.0 ...
LAMMPS 中 molecule command 的分子模板
LAMMPS 中 molecule command 的 SPC/E 分子模板脚本# Water molecule. SPC/E model.3 atoms 2 bonds 1 angles Coords1 1.12456 0.09298 1.274522 1.53683 0.75606 1.899283 0.49482 0.56390 ...
LAMMPS中的GCMC（巨正则蒙特卡洛）
谈谈LAMMPS中的GCMC（巨正则蒙特卡洛）记录学习心得（2020.2.21）疫情期间，还是在家专心科研，养成好习惯，继续记录。Example ：fix ID group-ID gcmc N X M type seed T mu displace keyword valuesN：每N步进行一次MC操作，每次操作进行 X 次的交换和 M 次的移动和旋转；type： 原子type；See...
LAMMPS实现指定时间内dump
LAMMPS实现指定时间内dumpvariable a loop 10label loopdump 1 all atom 100 file.$arun 10000undump 1next ajump in.lj loop
LAMMPS实现MC模拟
# Monte Carlo relaxation of perturbed 2d hex lattice# set these parameters# make sure neigh skin > 2*deltamovevariable iter loop 3000 # number of Monte Carlo movesvariable deltaperturb equal 0.2 # max size of initial perturbation per
LAMMPS实现for循环，打印二维数组
label loopxvariable x loop 5 label loopy variable y loop 5 variable x equal $x variable y equal $yprint "-----------------------"print "now x is ${x}"print "now y is ${y}"print "----------------------
LAMMPS循环文件、后处理并写出文件关机！
%---------------------------------------%NOTE!############################################################ 代码解决分子动力学中，后处理问题，循环文件夹批量处理！ #### 欢迎各位LAMMPS大佬交流： [email protected] #############################################################
LAMMPS生成粗糙表面的in文件脚本（可调节微结构高、长和宽）
Step 1 in文件1 可以根据需要调节微结构的高、长和宽。#---------------------------------------------------##---------------------------------------------------## ## This code is to bulid wall struction ##
分子动力学理论篇（1）——牛顿力学、哈密顿动力学和相空间
接下来我们画出harmonic spring 在相空间的轨迹：MALAB 代码如下：clc;clear;%--------------------------------%% initial setting step = 0.1;X_initial = -4;V_initial = 0;lambda = 1;mass = 1;X_current = X_initial;V_current = V_initial;t = 0;run = 0;%--.
读取lammps全部dump的matlab脚本
分享一个读取全部dump的matlab脚本。%-------------------------------------------------------------------------------------------# % File is file path of lammps file % Do not cha
LAMMPS的in文件如何抢占计算资源，大规模循环计算？
LAMMPS如何抢占资源，循环计算？在计算资源有限的情况下，常常因为一个任务结束而排不上队。那么在计算lammps过程中如何通过脚本循环计算不同的in文件呢？比如我要计算不同温度下观察一物理量的变化：假设有100,200,300,400,500,600,700,800.8个温度变化，我想写入不同的文件夹。具体实现的功能：1、分别创建文件夹。2、并将需要的data文件和势能函数文件复制进不同的文件夹里。3、计算-并在不同的文件夹写出结果。代码如下：#--------------------
LAMMPS后处理—如何构建二维云图-接触角呢？
如何构建密度云图呢？如何构建密度云图呢？STEP 1首先我们要先读入dump文件的全部帧，这里请看我另一个帖子。这里仅给出代码，具体请见：https://blog.csdn.net/qq_43689832/article/details/108943190clc;clear;% file is file path of lammps file % file = '1.dump'try dump = fopen(file,'r');catch error('Dumpfi
LAMMPS中的默认变量
LAMMPS中的默认变量 step = timestep elapsed = timesteps since start of this run elaplong = timesteps since start of initial run in a series of runs dt = timestep size time = simulation time cpu = elapsed CPU time in seconds since start of
WARNING: Using a manybody potential with bonds/angles/dihedrals and special_bond exclusions
WARNING: Using a manybody potential with bonds/angles/dihedrals and special_bond exclusionsit is a warning, not an error, and you cannot see it with the oldercode, since it wasn’t programmed then.it reminds you that you better know what you are doing, an
c++脚本处理lammps dump 文件
/* * temperature variation of cutting region */# include <stdio.h> # include <stdlib.h> # include <math.h> # include <iostream> # include <fstream> # include <...
Lammps 如何计算速度矢量分布？
模拟体系：混合体系，液滴与表面撞击，向上弹跳。画出在X-Z方向的速度矢量分布。STEP 1读取dump轨迹，这里参考我之前的一个博客。https://blog.csdn.net/qq_43689832/article/details/108943190STEP 2将体系在x-z轴划分bin，并对bin内的原子速度进行统计、平均，%ATOMS id type x y z vx vy vz all_frame = 1; % 全部需要计算的帧%%-----------------
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