为什么要学习数量遗传学--序言

自序

昨天公司以张沅老师编写的《家畜育种学》为教材,从老总到销售讲解了各自学习的心得体会,以及各种知识点,我想这应该是扎根产业最鲜明的决心了。理解客户,然后服务客户。

这个自序我想从两句名言开始:
1,学然后知不足,教然后知困
原文是:

《礼记·学记》原文:
虽有嘉肴,弗食,不知其旨也;虽有至道,弗学,不知其善也。是故学然后知不足,教然后知困。知不足,然后能自反也;知困,然后能自强也。故曰:教学相长也。《兑命》曰:“学学半。”其此之谓乎?

这句话的意思是:经过学习才知道自己知识的不足,经过教授才知道自己知识的困惑。
我之前也从事教别人学习数量遗传学的软件,因为客户多为数量遗传学方向,多是育种相关行业,在其中我学习了很多,许多自以为了解的东西其实在讲解的过程中发现自己没有那么了解。真正了解的东西是可以用非常简单的方式非常易于理解的方式进行讲解的,而我还是用教科书的语言。方知:熟知非真知。

我一直深信,如果你不了解一件事情,那你就为此写一本书吧,同理,写博客也是一种好的方式。显示自己的无知,才是进步的不二法门。

keep hungry, keep foolish
——乔布斯

2,种树最好的时间是十年前,次好的时间是现在

这句话第一次看到是:吴富村老师的朋友圈,深有感触。说此不免有鸡汤之嫌,但人要保持学习状态,要拥抱变化,最好的时候就是现在。

之前是学习植物育种方向的,那时候就听说玉米育种的红宝书《Quantitative Genetics in Genetics in Maize Breeding》,就开始系统的学习这本书,中间也翻译了一些内容。研究生期间学习了崔党群老师的《数量遗传学》和詹克慧老师的《高级生物统计学》,这两个课程每次上课我都认真听讲,课后查阅相关资料,受益匪浅。后来工作后接触动物数量遗传学,更多的是混合线性模型,这无疑模型更复杂一些。现在工作的内容大体也是数量遗传学相关,不过是倾向于全基因组选择(Genomic Selection),里面当然学问更多,但其基础依然是数量遗传学和生物统计。

之前同事苗健推荐过 L. R. Schaeffer的数量遗传学教程,自己之前看过,但重新看时又有不一样的收获,所谓独乐乐不如众乐乐,这次学习笔记主要是以这个教材为主。

这个教材好的一点是他不但有理论的讲解,也有数据和代码的讲解和练习,代码使用的是R语言,我在其中会给出Python和Julia的代码,以供参考。

教材的大纲:

  • Introduction

  • R Basics

  • Matrix Algebra

  • Data Handling

  • Writing a Linear Model

  • Estimation Theory

  • Estimability

  • Prediction Theory

  • Genetic Relationships

  • Quadratic Forms

  • Likelihood Methods

  • Bayesian Approach

  • Iowa State Univ. Course

  • Single Records

  • Repeated Records

  • Maternal Genetic Effects

  • Random Regression Model

  • Multiple Trait Model

  • Non-Additive Genetic Effects

  • Reduced Animal Model

  • Phantom Grouping

  • Social Interaction Model

  • Genomics Briefly

  • Selection

  • Threshold Models

羿方说我挖了太多的坑,但挖过的坑是要填的,所以最好的策略是将计划公之于众,就像戒烟,最好的策略就是公之于众,然后自己再抽烟时就要考虑一下自己的诺言了。

当然,也有人表示:戒烟很容易的,我一个月就戒了五六次。这也是我为什么写序言的主要原因。

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