作者：中国科学院天津工业生物技术研究所 王敬敬 博士
利用Gephi软件绘制网络图
1. 生成物种相关性矩阵
此步骤需要在R语言环境下运行，依赖psych包，输入文件为典型的OTU表或属水平丰度矩阵，示例如下。
输入文件FH_CK.txt文件格式， CK为空白对照的5个重复；FH为处理组的5个重复；G1-G148为丰度大于0.2%的属。
# 安装需要的包
install.packages("psych")
# 加载包
library(psych)
# 读取otu-sample矩阵，行为sample，列为otu
otu=read.table("FH_CK.txt", head=T, row.names=1)
# 计算OTU间两两相关系数矩阵
# 数据量小时可以用psych包corr.test求相关性矩阵，数据量大时，可应用WGCNA中corAndPvalue, 但p值需要借助其他函数矫正
occor = corr.test(otu,use="pairwise",method="spearman",adjust="fdr",alpha=0.05)
occor.r = occor$r # 取相关性矩阵R值
occor.p = occor$p # 取相关性矩阵p值
# 确定物种间存在相互作用关系的阈值，将相关性R矩阵内不符合的数据转换为0
occor.r[occor.p>0.05|abs(occor.r)<0.6] = 0
# 将occor.r保存为csv文件
write.csv(occor.r,file="FH_CK_0.05_occor.csv")
2. Gephi生成点、边文件
从官网https://gephi.org/下载安装Gephi 0.9.2
打开Gephi 0.9.2，点击“文件-打开”，选择“FH_CK_0.05_occor.csv”文件打开。
点击“下一步”
图的类型，选择“无向的”
点击确定后，出现以下页面：
点击“数据资料”，出现节点和边的信息，点击数据表格左上角“节点”，然后点击“输出表格”，输出点文件。点击“边”，然后点击“输出表格”，输出边文件。
3. 点、边文件注释
打开点文件，可添加物种分类信息等
打开边文件，可添加正负属性等：
4. 网络点、边美化
打开Gephi文件，点击“文件–导入电子表格”，导入结点文件
图的类型，选择“无向的”
打开Gephi文件，点击“文件–导入电子表格”，导入边文件
选择“Append to existing workspace”
在“概览”界面的“布局”中，选择“Fruchterman Reingold”，点击“运行”，待图形稳定后，点击“停止”
在“外观”中，点击“节点”，“颜色”，“Partition”，选择"Phylum"，点击应用。即以颜色区别不同节点的门分类
在“外观”中，点击“节点”，“大小”，“Ranking”，选择"度"，点击应用。即以不同度区别不同节点的大小。如果看不到大小变化，调整最大尺寸，如4变为30
在“外观”中，点击“边”，“颜色”，“Partition”，，选择"pn"，点击应用。即以颜色区分边的正负。
5. 网络属性、预览和标签
在网络图右侧，统计选项卡中，点击“运行”，可计算网络和节点的参数：
在“预览”界面，点击“刷新”，可显示最终的图形
可在“预览设置”中选择“显示标签”，如下图所示
参考文献
- Gephi快速入门指南 https://wenku.baidu.com/view/29328a9f19e8b8f67d1cb92d.html
- Gephi 入门使用 https://blog.csdn.net/qq_35318838/article/details/79820923
- Gephi官方帮助 https://gephi.org/users/
- 一文学会网络分析——Co-occurrence网络图在R中的实现 https://mp.weixin.qq.com/s/s-Si_s5pk7EF5gueqruBRQ
猜你喜欢
- 10000+: 菌群分析
宝宝与猫狗 提DNA发Nature 实验分析谁对结果影响大 Cell微生物专刊 肠道指挥大脑 - 系列教程：微生物组入门 Biostar 微生物组 宏基因组
- 专业技能：生信宝典 学术图表 高分文章 不可或缺的人
- 一文读懂：宏基因组 寄生虫益处 进化树
- 必备技能：提问 搜索 Endnote
- 文献阅读 热心肠 SemanticScholar Geenmedical
- 扩增子分析：图表解读 分析流程 统计绘图
- 16S功能预测 PICRUSt FAPROTAX Bugbase Tax4Fun
- 在线工具：16S预测培养基 生信绘图
- 科研经验：云笔记 云协作 公众号
- 编程模板: Shell R Perl
- 生物科普: 肠道细菌 人体上的生命 生命大跃进 细胞暗战 人体奥秘
写在后面
为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外2300+ 一线科研人员加入。参与讨论，获得专业解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码加主编好友带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍末解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。
学习扩增子、宏基因组科研思路和分析实战，关注“宏基因组”
点击阅读原文，跳转最新文章目录阅读
https://mp.weixin.qq.com/s/5jQspEvH5_4Xmart22gjMA