物种注释

背景: 将预测得到的基因(核酸序列)注释到nr 数库,可以的得到物种注释结果;

存在的问题: 一个基因可能注释到多个物种;

解决 :寻找最近公共祖先(即如果一个基因注释到多个物种,但是他们有共同的属,那么认为这个基因注释到了属水平)

数据库:taxonomy

附:

taxid : NCBI人为的给自然界所有的物种都给了一个编号,其中人类的编号是 9606;

taxid的资料还有很多 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/taxonomy/

accession2taxid : ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/taxonomy/accession2taxid/prot.accession2taxid.gz

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/taxonomy/new_taxdump/new_taxdump.tar.gz

nodes.dmp 这个文件列出了taxid的树的结构信息,子节点,父节点等等

names.dmp 这个文件里面列出了每个独特的taxid对应着的物种名

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转载自blog.csdn.net/rojyang/article/details/81231287
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