Metagenomic sequencing at the epicenter of the Nigeria 2018 Lassa fever outbreak
2018年尼日利亚拉沙热疫情中心的宏基因组测序
The 2018 Nigerian Lassa fever season saw the largest ever recorded upsurge of cases, raising concerns over the emergence of a strain with increased transmission rate. To understand the molecular epidemiology of this upsurge, we performed, for the first time at the epicenter of an unfolding outbreak, metagenomic nanopore sequencing directly from patient samples, an approach dictated by the highly variable genome of the target pathogen. Genomic data and phylogenetic reconstructions were communicated immediately to Nigerian authorities and the World Health Organization to inform the public health response. Real-time analysis of 36 genomes and subsequent confirmation using all 120 samples sequenced in the country of origin revealed extensive diversity and phylogenetic intermingling with strains from previous years, suggesting independent zoonotic transmission events and thus allaying concerns of an emergent strain or extensive human-to-human transmission.
2018年尼日利亚拉沙热季节出现了有记录以来最大的病例激增，令人担忧出现了传播率更高的毒株。
为了了解这一高峰的分子流行病学，我们首次在正在爆发的疫情的中心进行了直接从患者样本进行宏基因组纳米孔测序，这是一种由目标病原体高度变异的基因组决定的方法。
基因组数据和系统发育重建被立即通报给尼日利亚当局和世界卫生组织，以通知公共卫生应对。
对36个基因组的实时分析以及随后使用在原产国测序的所有120个样本进行的确认显示了广泛的多样性和与前几年菌株的系统进化混合，表明发生了独立的人畜共患传播事件，从而减轻了对紧急菌株或广泛人际传播的担忧。
Science：便携式DNA测序仪在检测病毒疫情中大显身手
来源：本站原创 2019-01-12 17:58
2019年1月12日/生物谷BIOON/---在一项新的研究中，来自美国、尼日利亚、英国、德国、比利时、瑞士和新加坡的研究人员发现，随着病毒疫情的爆发，利用便携式DNA测序仪了解关于这种病毒疫情的更多信息是可能的。在他们发表在2019年1月4日那期Science期刊上的一篇标题为“Metagenomic sequencing at the epicenter of the Nigeria 2018 Lassa fever outbreak”的论文中，他们描述了他们对在尼日利亚最近发生的一次病毒疫情期间受影响的患者中的拉沙病毒（Lassa virus）DNA的分析，以及他们取得的发现。美国波士顿大学医学院的Nahid Bhadelia针对这项新的研究在同期Science期刊上发表了一篇标题为“Understanding Lassa fever”的观点（Perspective）类型论文。
图片来自Bernhard Nocht Institute for Tropical Medicine (BNITM), Hamburg, Germany。
医学科学家们一直担心可能会出现一场大规模的流行病---一场可能导致全世界数百万人甚至数十亿人死亡的流行病。正因为如此，科学家们不断寻找新工具来识别潜在的大流行性病毒并阻止它们。这样的一个研究领域集中在快速识别病毒，更重要的是，发现它是否已进化为一种更危险的新毒株。目前，这个领域的主要技术是DNA测序，但是病毒疫情通常会在存在没有配备DNA测序功能的实验室的地方开始爆发。这导致人们开发小型便携式设备，这样就能够将这些设备快速部署到感兴趣的区域并立即加以使用。
在这项新的研究中，鉴于得知由拉沙病毒导致的拉沙热（Lassa fever）病例在尼日利亚飙升，这些研究人员测试了这样的一种称为Oxford Nanopore MinION的DNA测序设备。当吃了已被受感染大鼠污染的食物时，或者在某些情况下吸入来自大鼠粪便中的悬浮颗粒时，人们就会感染上这种病毒。
这些研究人员前往拉沙热疫情现场，开始收集患者的血液和组织样本。他们总共收集了120例样本，但是鉴于存在互联网连接问题，他们仅能测试其中的36例样本。不过这足以解答两个最为紧迫的问题：患者人数突然增加是由于病毒变异导致的吗？如果是这样的话，它如今能够在人际间传播吗？幸运的是，这两个问题的答案都是否定的，这一发现允许卫生官员着重关注于大鼠控制，而不是设置隔离区。它还表明，便携式DNA测序仪能够在下一次大流行病失控之前，为阻止它提供急需的帮助。（生物谷 Bioon.com）
参考资料：
L. E. Kafetzopoulou et al. Metagenomic sequencing at the epicenter of the Nigeria 2018 Lassa fever outbreak, Science (2019). DOI: 10.1126/science.aau9343.
Nahid Bhadelia. Understanding Lassa fever, Science (2019). DOI: 10.1126/science.aav8958.